上海检察院第三分院是第三级别。法律分析：直辖市的检察院和法院的级别关系如下：（1）上海市高级人民法院与上海市检察院同级。（2）上海市第一中级人民法院对应上海市第一检查分院，第二中级人民法院对应第二检察分院。（3）各区基层法院对应各区检察院。